С учетом, что всё есть графы, графы это модели всего, это фундаментальные структуры. (Вспоминаем теорию категорий в том числе. )
Искать изоморфизмы/гомоморфизмы графов/подграфов важнейшая задача.
https://ru.wikipedia.org/wiki/Изоморфизм_графов
https://ru.wikipedia.org/wiki/Задача_поиска_изоморфного_подграфа